Wagner Mayer faz parte da quarta geração de músicos de sua família. Ainda na infância, teve como primeiros professores o seu pai e o mestre da banda de seu bairro, em Belo Horizonte. Aos dezesseis anos, começou a estudar trombone com Paulo Lacerda no Centro de Formação Artística da Fundação Clóvis Salgado, seguindo depois para a Escola de Música da Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG).

De 1990 a 2007, ingressou nos Trombones da Orquestra Sinfônica de Minas Gerais, ocupando a função de Primeiro Trombone a partir de 1995. Em 1992, venceu o concurso Jovens Solistas da Orquestra Sinfônica de Porto Alegre, recebendo então o convite para solar junto ao grupo gaúcho e com a Orquestra Sinfônica do Estado de São Paulo (Osesp), ambas as apresentações sob regência do maestro Eleazar de Carvalho.

Entre 1999 e 2003, excursionou pelo Brasil, Japão e Europa com o grupo Skank, banda mineira de pop rock. Participou de diversos cursos, entre eles com os professores Radegundis Feitosa e Wagner Polistchuck.